生化池中溫度過低，導致菌種活性不高，污水處理分解能力下降；溫度對硝化的影響明顯，在低溫條件下硝化細菌的繁殖速度降低，體內酶活力受到抑制，代謝速度會變得較慢。生化池中污泥的泥齡太長。
污水處理工藝中分段控制時間短，難控制。污水處理時硝化反應沒有控制好PH等。例如：pH值過高會影響微生物的正常生長，增加水中游離氨的濃度抑制硝化菌。硝化菌還對重金屬、酚、氰化物等有毒物質敏感。
客觀因素影響，像有的亞熱帶季風氣候城市，每年梅雨季節和汛期雨水尤為充沛。收集范圍越廣，短時間內污水處理進水水量變化系數越大，水量過度負荷，縮短了硝化停留時間。
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